ホトケドジョウの主要な生息地は低い山から平地にかけて形成される谷戸を流れる細い流れです。このような場所は人間にとって住みやすく、また開発しやすいので、ホトケドジョウは全国的に減少しています。水産庁の希少生物関係の資料では、「減少種」に位置付けられています。

　神奈川県における生息河川は、多摩川、鶴見川、帷子川、大岡川、神戸川、滑川、相模川、金目川、酒匂川等が知られていますが、都市化に伴う環境悪化により急激に生息地が減少し、県の「レッドデ−タ生物調査報告書」では「絶滅危惧種」とされています。特に、川崎市や横浜市等の都市部周辺の生息地減少が目立っています。
　ホトケドジョウの住む湧き水のあるところは谷戸と呼ばれ、ホタルなどもいるところです。しかし、このような場所も近年開発が進み、次々に造成されてホトケドジョウの生息場所が失われています。
　また、湧き水の残っているところも、コンクリートによる護岸等によりホトケドジョウの隠れ場所が失われているのも減少する要因の一つです。